Le Conseil d’Administration de la Fédération est constitué de 15 membres élus pour 5 ans parmi les adhérents des Associations Agréées pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique (AAPPMA).

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Ils définissent la politique générale à mettre en place et représentent la Fédération dans les réunions et instances auxquelles ils participent : FNPF, association régionale ARGE, SDAGE, SAGE, etc.